中華民國九十九年二月三日總統華總一義字第 09900024171 號令修正公布全文 15 條；並自一百零一年一月一日開始施行

第 1 條 本法依憲法第六十一條制定之。
第 2 條 行政院行使憲法所賦予之職權。
第 3 條 行政院設下列各部：
一、內政部。
二、外交部。
三、國防部。
四、財政部。
五、教育部。
六、法務部。
七、經濟及能源部。
八、交通及建設部。
九、勞動部。
十、農業部。
十一、衛生福利部。
十二、環境資源部。
十三、文化部。
十四、科技部。
第 4 條 行政院設下列各委員會：
一、國家發展委員會。
二、大陸委員會。
三、金融監督管理委員會。
四、海洋委員會。
五、僑務委員會。
六、國軍退除役官兵輔導委員會。
七、原住民族委員會。
八、客家委員會。
第 5 條 行政院置政務委員七人至九人，特任。
政務委員得兼任前條委員會之主任委員。
第 6 條 行政院設行政院主計總處及行政院人事行政總處。
第 7 條 行政院設中央銀行。
第 8 條 行政院設國立故宮博物院。
第 9 條 行政院設下列相當中央二級獨立機關：
一、中央選舉委員會。
二、公平交易委員會。
三、國家通訊傳播委員會。
第 10 條 行政院院長綜理院務，並指揮監督所屬機關及人員。
行政院院長因事故不能視事時，由副院長代理其職務。
第 11 條 行政院院長得邀請或指定有關人員列席行政院會議。
第 12 條 行政院置秘書長一人，特任，綜合處理本院幕僚事務；副秘書長二人，其中一人職務比照簡任第十四職等，襄助秘書長處理本院幕僚事務。
行政院置發言人一人，特任，處理新聞發布及聯繫事項，得由政務職務人員兼任之。
第 13 條 行政院各職稱之官等職等及員額，另以編制表定之。
第 14 條 行政院為處理特定事務，得於院內設專責單位。
第 15 條 本法自中華民國一百零一年一月一日開始施行。