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第二條 納稅義務人如為中華民國境內居住之個人，或在中華民國境內有固定營業場所之營利事業，按下列規定扣繳：
一、
薪資按下列二種方式擇一扣繳，由納稅義務人自行選定適用之。但兼職所得及非每月給付之薪資，依薪資所得扣繳辦法之規定扣繳，免併入全月給付總額扣繳：
(一)
按全月給付總額依薪資所得扣繳辦法之規定扣繳之。碼頭車站搬運工及營建業等按日計算並按日給付之臨時工，其工資免予扣繳，仍應依本法第八十九條第三項規定，由扣繳義務人列單申報該管稽徵機關。
(二) 按全月給付總額扣取百分之五。
二、 佣金按給付額扣取百分之十。
三、 利息按下列規定扣繳：
(一)
軍、公、教退休（伍）金優惠存款之利息免予扣繳，仍應準用本法第八十九條第三項規定，由扣繳義務人列單申報該管稽徵機關。
(二) 短期票券到期兌償金額超過首次發售價格部分之利息，按給付額扣取百分之十。
(三) 依金融資產證券化條例或不動產證券化條例規定發行之受益證券或資產基礎證券分配之利息，按分配額扣取百分之十。
(四) 公債、公司債或金融債券之利息，按給付額扣取百分之十。
(五) 以前三目之有價證券或短期票券從事附條件交易，到期賣回金額超過原買入金額部分之利息，按給付額扣取百分之十。
(六) 其餘各種利息，一律按給付額扣取百分之十。
四、
納稅義務人及與其合併申報綜合所得稅之配偶與受其扶養之親屬有金融機構存款之利息及儲蓄性質信託資金之收益者，得依儲蓄免扣證實施要點之規定領用免扣證，持交扣繳義務人於給付時登記，累計不超過新臺幣二十七萬元部分，免予扣繳。但郵政存簿儲金之利息及依本法規定分離課稅之利息，不包括在內。
五、 租金按給付額扣取百分之十。
六、 權利金按給付額扣取百分之十。
七、
競技競賽機會中獎獎金或給與按給付全額扣取百分之十。但政府舉辦之獎券中獎獎金，每聯（組、注）獎額不超過新臺幣二千元者，免予扣繳。每聯獎額超過新臺幣二千元者，應按給付全額扣取百分之二十。
八、 執行業務者之報酬按給付額扣取百分之十。
九、 退職所得按給付額減除定額免稅後之餘額扣取百分之六。
十、 告發或檢舉獎金按給付額扣取百分之二十。
十一、與證券商或銀行從事結構型商品交易之所得，按所得額扣取百分之十。
本條例第二十五條第二項規定於一課稅年度內在臺灣地區居留、停留合計滿一百八十三天之大陸地區人民及同條第三項規定在臺灣地區有固定營業場所之大陸地區法人、團體或其他機構，取得屬前項各款之臺灣地區來源所得，適用前項規定扣繳。
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第二條 納稅義務人如為中華民國境內居住之個人，或在中華民國境內有固定營業場所之營利事業，按下列規定扣繳：
一、
薪資按下列二種方式擇一扣繳，由納稅義務人自行選定適用之。但兼職所得及非每月給付之薪資，扣繳義務人得按給付額扣取百分之六，免併入全月給付總額扣繳：
(一)
按全月給付總額依薪資所得扣繳辦法之規定扣繳之。碼頭車站搬運工及營建業等按日計算並按日給付之臨時工，其工資免予扣繳，仍應依本法第八十九條第三項規定，由扣繳義務人列單申報該管稽徵機關。
(二) 按全月給付總額扣取百分之六。
二、 佣金按給付額扣取百分之十。
三、 利息按下列規定扣繳：
(一)
軍、公、教退休（伍）金優惠存款之利息免予扣繳，仍應準用本法第八十九條第三項規定，由扣繳義務人列單申報該管稽徵機關。
(二) 短期票券到期兌償金額超過首次發售價格部分之利息，按給付額扣取百分之十。
(三) 依金融資產證券化條例或不動產證券化條例規定發行之受益證券或資產基礎證券分配之利息，按分配額扣取百分之十。
(四) 公債、公司債或金融債券之利息，按給付額扣取百分之十。
(五) 以前三目之有價證券或短期票券從事附條件交易，到期賣回金額超過原買入金額部分之利息，按給付額扣取百分之十。
(六) 其餘各種利息，一律按給付額扣取百分之十。
四、
納稅義務人及與其合併申報綜合所得稅之配偶與受其扶養之親屬有金融機構存款之利息及儲蓄性質信託資金之收益者，得依儲蓄免扣證實施要點之規定領用免扣證，持交扣繳義務人於給付時登記，累計不超過新臺幣二十七萬元部分，免予扣繳。但郵政存簿儲金之利息及依本法規定分離課稅之利息，不包括在內。
五、 租金按給付額扣取百分之十。
六、 權利金按給付額扣取百分之十。
七、
競技競賽機會中獎獎金或給與按給付全額扣取百分之十。但政府舉辦之獎券中獎獎金，每聯（組、注）獎額不超過新臺幣二千元者，免予扣繳。每聯獎額超過新臺幣二千元者，應按給付全額扣取百分之二十。
八、 執行業務者之報酬按給付額扣取百分之十。
九、 退職所得按給付額減除定額免稅後之餘額扣取百分之六。
十、 告發或檢舉獎金按給付額扣取百分之二十。
十一、與證券商或銀行從事結構型商品交易之所得，按所得額扣取百分之十。
本條例第二十五條第二項規定於一課稅年度內在臺灣地區居留、停留合計滿一百八十三天之大陸地區人民及同條第三項規定在臺灣地區有固定營業場所之大陸地區法人、團體或其他機構，取得屬前項各款之臺灣地區來源所得，適用前項規定扣繳。
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一、
據財政部財稅資料中心統計歷年綜合所得稅結算申報案件，申報退稅件數比例仍高，且納稅義務人之主要所得以薪資所得為主，經核定後多屬無須繳稅或僅適用最低課稅級距稅率，渠等綜合所得稅有效稅率低於現行薪資所得扣繳率百分之六。為減少退稅件數及金額，降低稽徵成本，並配合九十八年五月二十七日修正公布所得稅法第五條，自九十九年度起，綜合所得稅最低課稅級距稅率調降為百分之五，爰修正第一項第一款第二目，將中華民國境內居住之個人薪資扣繳率由百分之六修正為百分之五。
二、
另配合九十九年○○月○○日修正發布薪資所得扣繳辦法第八條增訂兼職所得及非每月給付之薪資未達起扣標準免予扣繳之規定，修正第一項第一款序文，規定兼職所得及非每月給付之薪資，依薪資所得扣繳辦法之規定扣繳，以資明確。
三、 第一項其餘各款及第二項未修正。
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