中華民國九十九年一月六日總統華總一義字第 09800326961 號令修正公布第 44 條條文；並增訂第 11-3～11-7、25-1 條條文及第一章之一章名

第 11-3 條 財政部依本法或稅法所發布之法規命令及行政規則，不得增加或減免納稅義務人法定之納稅義務。

第 11-4 條 稅法或其他法律為特定政策所規定之租稅優惠，應明定實施年限並以達成合理之政策目的為限，不得過度。
前項租稅優惠之擬訂，應經稅式支出評估。

第 11-5 條 稅捐稽徵機關或財政部賦稅署指定之調查人員，於進行調查前，除通知調查將影響稽徵或調查目的者外，應以書面通知被調查者調查或備詢之事由及範圍。被調查者如委任代理人，該代理人應於接受調查或備詢時，出具委任書。
被調查者或其代理人經稅捐稽徵機關或財政部賦稅署之許可，得偕同輔佐人到場接受調查或備詢。

第 11-6 條 稅捐稽徵機關故意以不正當方法取得之自白且與事實不相符者，不得作為課稅或處罰之證據。

第 11-7 條 稅捐稽徵機關應設置適當場所，聆聽陳情或解答納稅義務人問題。

第 25-1 條 依本法或稅法規定應補、應退或應移送強制執行之稅捐在一定金額以下者，財政部得視實際需要，報請行政院核定免徵、免退或免予移送強制執行。

第 44 條 營利事業依法規定應給與他人憑證而未給與，應自他人取得憑證而未取得，或應保存憑證而未保存者，應就其未給與憑證、未取得憑證或未保存憑證，經查明認定之總額，處百分之五罰鍰。但營利事業取得非實際交易對象所開立之憑證，如經查明確有進貨事實及該項憑證確由實際銷貨之營利事業所交付，且實際銷貨之營利事業已依法處罰者，免予處罰。
前項處罰金額最高不得超過新臺幣一百萬元。