中華民國一百年一月二十六日總統華總一義字第 10000016611 號令
修正公布第 3-4、24、44、66-6、81、114-3 條條文；並增訂第 24-4、43-2 條條文

第 3-4 條　　信託財產發生之收入，受託人應於所得發生年度，按所得類別依本法規定，減除成本、必要費用及損耗後，分別計算受益人之各類所得額，由受益人併入當年度所得額，依本法規定課稅。
前項受益人有二人以上時，受託人應按信託行為明定或可得推知之比例計算各受益人之各類所得額；其計算比例不明或不能推知者，應按各類所得受益人之人數平均計算之。
受益人不特定或尚未存在者，其於所得發生年度依前二項規定計算之所得，應以受託人為納稅義務人，於第七十一條規定期限內，按規定之扣繳率申報納稅，其依第八十九條之一第二項規定計算之已扣繳稅款，得自其應納稅額中減除；其扣繳率，由財政部擬訂，報請行政院核定。
受託人未依第一項至第三項規定辦理者，稽徵機關應按查得之資料核定受益人之所得額，依本法規定課稅。
符合第四條之三各款規定之公益信託，其信託利益於實際分配時，由受益人併入分配年度之所得額，依本法規定課稅。
依法經行政院金融監督管理委員會核准之共同信託基金、證券投資信託基金、期貨信託基金或其他信託基金，其信託利益於實際分配時，由受益人併入分配年度之所得額，依本法規定課稅。

第 24 條　　營利事業所得之計算，以其本年度收入總額減除各項成本費用、損失及稅捐後之純益額為所得額。所得額之計算，涉有應稅所得及免稅所得者，其相關之成本、費用或損失，除可直接合理明確歸屬者，得個別歸屬認列外，應作合理之分攤；其分攤辦法，由財政部定之。
營利事業帳載應付未付之帳款、費用、損失及其他各項債務，逾請求權時效尚未給付者，應於時效消滅年度轉列其他收入，俟實際給付時，再以營業外支出列帳。
營利事業有第十四條第一項第四類利息所得中之短期票券利息所得，除依第八十八條規定扣繳稅款外，不計入營利事業所得額。但營利事業持有之短期票券發票日在中華民國九十九年一月一日以後者，其利息所得應計入營利事業所得額課稅。
自中華民國九十九年一月一日起，營利事業持有依金融資產證券化條例或不動產證券化條例規定發行之受益證券或資產基礎證券，所獲配之利息所得應計入營利事業所得額課稅，不適用金融資產證券化條例第四十一條第二項及不動產證券化條例第五十條第三項分離課稅之規定。
總機構在中華民國境外之營利事業，因投資於國內其他營利事業，所獲配之股利淨額或盈餘淨額，除依第八十八條規定扣繳稅款外，不計入營利事業所得額。

第 24-4 條　　自一百年度起，總機構在中華民國境內經營海運業務之營利事業，符合一定要件，經中央目的事業主管機關核定者，其海運業務收入得選擇依第二項規定按船舶淨噸位計算營利事業所得額；海運業務收入以外之收入，其所得額之計算依本法相關規定辦理。
前項營利事業每年度海運業務收入之營利事業所得額，得依下列標準按每年三百六十五日累計計算：
一、各船舶之淨噸位在一千噸以下者，每一百淨噸位之每日所得額為六十七元。
二、超過一千噸至一萬噸者，超過部分每一百淨噸位之每日所得額為四十九元。
三、超過一萬噸至二萬五千噸者，超過部分每一百淨噸位之每日所得額為三十二元。
四、超過二萬五千噸者，超過部分每一百淨噸位之每日所得額為十四元。
營利事業經營海運業務收入經依第一項規定選擇依項規定計算營利事業所得額者，一經選定，應連續適用十年，不得變更；適用期間如有不符合第一項所定一定要件，經中央目的事業主管機關廢止核定者，自不符合一定要件之年度起連續五年，不得再選擇依前項規定辦理。
營利事業海運業務收入選擇依第二項規定計算營利事業所得額者，其當年度營利事業所得稅結算申報，不適用下列規定：
一、第三十九條第一項但書關於虧損扣除規定。
二、其他法律關於租稅減免規定。
第一項之一定要件、業務收入範圍、申請之期限、程序及其他應遵行事項之辦法，由財政部會商中央目的事業主管機關定之。

第 43-2 條　　自一百年度起，營利事業對關係人之負債占業主權益超過一定比率者，超過部分之利息支出不得列為費用或損失。
前項營利事業辦理結算申報時，應將對關係人之負債占業主權益比率及相關資訊，於結算申報書揭露。
第一項所定關係人、負債、業主權益之範圍、負債占業主權益一定比率及其他應遵行事項之辦法，由財政部定之。
銀行、信用合作社、金融控股公司、票券金融公司、保險公司及證券商，不適用前三項規定。

第 44 條　　商品、原料、物料、在製品、製成品、副產品等存貨之估價，以實際成本為準；成本高於淨變現價值時，納稅義務人得以淨變現價值為準，跌價損失得列銷貨成本；成本不明或淨變現價值無法合理預期時，由該管稽徵機關用鑑定或估定方法決定之。
前項所稱淨變現價值，指營利事業預期正常營業出售存貨所能取得之淨額。
第一項成本，得按存貨之種類或性質，採用個別辨認法、先進先出法、加權平均法、移動平均法或其他經主管機關核定之方法計算之。

第 66-6 條　　營利事業分配屬八十七年度或以後年度之盈餘時，應以股利或盈餘之分配日，其股東可扣抵稅額帳戶餘額，占其帳載累積未分配盈餘帳戶餘額之比率，作為稅額扣抵比率，按各股東或社員獲配股利淨額或盈餘淨額計算其可扣抵之稅額，併同股利或盈餘分配；其計算公式如下：
稅額扣抵比率＝股東可扣抵稅額帳戶餘額／累積未分配盈餘帳戶餘額股東（或社員）可扣抵稅額＝股利（或盈餘）淨額ｘ稅額扣抵比率營利事業依前項規定計算之稅額扣抵比率，超過稅額扣抵比率上限者，以稅額扣抵比率上限為準，計算股東或社員可扣抵之稅額。稅額扣抵比率上
限如下：
一、累積未分配盈餘未加徵百分之十營利事業所得稅者：營利事業分配屬九十八年度以前之盈餘，為百分之三三‧三三；分配屬九十九年度以後之盈餘，為百分之二十‧四八。
二、累積未分配盈餘已加徵百分之十營利事業所得稅者：營利事業分配屬九十八年度以前之盈餘，為百分之四八‧一五；分配屬九十九年度以後之盈餘，為百分之三三‧八七。
三、累積未分配盈餘部分屬九十八年度以前盈餘、部分屬九十九年度以後盈餘、部分加徵、部分未加徵百分之十營利事業所得稅者，為各依其占累積未分配盈餘之比例，按前二款規定上限計算之合計數。
第一項所稱營利事業帳載累積未分配盈餘，指營利事業依商業會計法規定處理之八十七年度或以後年度之累積未分配盈餘。
第一項規定之稅額扣抵比率，以四捨五入計算至小數點以下第四位為止；股東或社員可扣抵稅額尾數不滿一元者，按四捨五入計算。

第 81 條　　該管稽徵機關應依其查核結果填具核定稅額通知書，連同各計算項目之核定數額送達納稅義務人。
前項通知書之記載或計算有錯誤時，納稅義務人得於通知書送達後十日內，向該管稽徵機關查對，或請予更正。
綜合所得稅結算申報案件，經查核結果有下列情形之一者，該管稽徵機關得以公告方式，載明申報業經核定，代替核定稅額通知書之填具及送達：
一、依申報應退稅款辦理退稅。
二、無應補或應退稅款。
三、應補或應退稅款符合免徵或免退規定。

第 114-3條　　營利事業未依第一百零二條之一第一項規定之期限，按實填報或填發股利憑單者，除限期責令補報或填發外，應按股利憑單所載可扣抵稅額之總額處百分之二十罰鍰，但最高不得超過三萬元，最低不得少於一千五百元；逾期自動申報或填發者，減半處罰。經稽徵機關限期責令補報或填發股利憑單，營利事業未依限按實補報或填發者，應按可扣抵稅額之總額處三倍以下之罰鍰，但最高不得超過六萬元，最低不得少於三千元。
營利事業違反第一百零二條之一第二項規定，未依限申報或未據實申報股東可扣抵稅額帳戶變動明細資料者，處七千五百元罰鍰，並通知限期補報；屆期不補報者，得按月連續處罰至依規定補報為止。