中華民國九十九年二月三日總統華總一義字第 09900024181 號令修正公布第 2、3、7、16、20、21、25、29～33、36、39 條條文；其施行期由行政院定之

第 2 條 本法適用於行政院及其所屬各級機關（以下簡稱機關）。但國防組織、外交駐外機構、警察機關組織、檢察機關、調查機關及海岸巡防機關組織法律另有規定者，從其規定。
行政院為一級機關，其所屬各級機關依層級為二級機關、三級機關、四級機關。但得依業務繁簡、組織規模定其層級，明定隸屬指揮監督關係，不必逐級設立。

第 3 條 本法用詞定義如下：
一、機關：就法定事務，有決定並表示國家意思於外部，而依組織法律或命令（以下簡稱組織法規）設立，行使公權力之組織。
二、獨立機關：指依據法律獨立行使職權，自主運作，除法律另有規定外，不受其他機關指揮監督之合議制機關。
三、機構：機關依組織法規將其部分權限及職掌劃出，以達成其設立目的之組織。
四、單位：基於組織之業務分工，於機關內部設立之組織。

第 7 條 機關組織法規，其內容應包括下列事項：
一、機關名稱。
二、機關設立依據或目的。
三、機關隸屬關係。
四、機關權限及職掌。
五、機關首長、副首長之職稱、官職等及員額。
六、機關置政務職務者，其職稱、官職等及員額。
七、機關置幕僚長者，其職稱、官職等。
八、機關依職掌設有次級機關者，其名稱。
九、機關有存續期限者，其期限。
十、屬獨立機關者，其合議之議決範圍、議事程序及決議方法。

第 16 條 機關於其組織法規規定之權限、職掌範圍內，得設附屬之實（試）驗、檢驗、研究、文教、醫療、社福、矯正、收容、訓練等機構。
前項機構之組織，準用本法之規定。

第 20 條 一級機關置幕僚長，稱秘書長，列政務職務；二級以下機關得視需要，置主任秘書或秘書，綜合處理幕僚事務。
一級機關得視需要置副幕僚長一人至三人，稱副秘書長；其中一人或二人得列政務職務，至少一人應列常任職務。

第 21 條 獨立機關合議制之成員，均應明定其任職期限、任命程序、停職、免職之規定及程序。但相當二級機關之獨立機關，其合議制成員中屬專任者，應先經立法院同意後任命之；其他獨立機關合議制成員由一級機關首長任命之。
一級機關首長為前項任命時，應指定成員中之一人為首長，一人為副首長。
第一項合議制之成員，除有特殊需要外，其人數以五人至十一人為原則，具有同一黨籍者不得超過一定比例。

第 25 條 機關之內部單位層級分為一級、二級，得定名如下：
一、一級內部單位：
（一）處：一級機關、相當二級機關之獨立機關及二級機關委員會之業務單位用之。
（二）司：二級機關部之業務單位用之。
（三）組：三級機關業務單位用之。
（四）科：四級機關業務單位用之。
（五）處、室：各級機關輔助單位用之。
二、二級內部單位：科。
機關內部單位層級之設立，得因機關性質及業務需求彈性調整，不必逐級設立。但四級機關內部單位之設立，除機關業務繁重、組織規模龐大者，得於科下分股辦事外，以設立一級為限。
機關內部單位因性質特殊者，得另定名稱。

第 29 條 行政院依下列各款劃分各部主管事務：
一、以中央行政機關應負責之主要功能為主軸，由各部分別擔任綜合性、統合性之政策業務。
二、基本政策或功能相近之業務，應集中由同一部擔任；相對立或制衡之業務，則應由不同部擔任。
三、各部之政策功能及權限，應儘量維持平衡。
部之總數以十四個為限。

第 30 條 各部組織規模建制標準如下：
一、業務單位設六司至八司為原則。
二、各司設四科至八科為原則。
前項司之總數以一百十二個為限。

第 31 條 行政院基於政策統合需要得設委員會。
各委員會組織規模建制標準如下：
一、業務單位以四處至六處為原則。
二、各處以三科至六科為原則。
第一項委員會之總數以八個為限。

第 32 條 相當二級機關之獨立機關組織規模建制標準如下：
一、業務單位以四處至六處為原則。
二、各處以三科至六科為原則。
前項獨立機關總數以三個為限。
第一項以外之獨立機關，其內部單位之設立，依機關掌理事務之繁簡定之。

第 33 條 二級機關為處理技術性或專門性業務需要得設附屬之機關署、局。
署、局之組織規模建制標準如下：
一、業務單位以四組至六組為原則。
二、各組以三科至六科為原則。
相當二級機關之獨立機關為處理第一項業務需要得設附屬之機關，其組織規模建制標準準用前項規定。
第一項及第三項署、局之總數除地方分支機關外，以七十個為限。

第 36 條 一級機關為因應突發、特殊或新興之重大事務，得設臨時性、過渡性之機關，其組織以暫行組織規程定之，並應明定其存續期限。
二級機關及三級機關得報經一級機關核定後，設立前項臨時性、過渡性之機關。

第 39 條 本法自公布日施行。
本法中華民國九十九年一月十二日修正之條文，其施行日期由行政院定之。