中華民國九十九年一月二十七日總統華總一義字第 09900017941 號令修正公布第 2、5、31、36～39、51 條條文；增訂第 15-1 條條文；並自公布日施行，但第 36 條第 1 項自一百零一年一月二十九日施行、第 37 條第 1 項自一百零一年一月二十七日施行

第 2 條 農民健康保險（以下簡稱本保險）之保險事故，分為生育、傷害、疾病、身心障礙及死亡五種；並分別給與生育給付、醫療給付、身心障礙給付及喪葬津貼。

第 5 條 農會法第十二條所定之農會會員應參加本保險為被保險人，並以其所屬基層農會為投保單位。
非前項農會會員，年滿十五歲以上從事農業工作之農民，參加本保險為被保險人者，應以其戶籍所在地之基層農會為投保單位。
農會會員已參加本保險者，因戶籍遷離原農會組織區域或因會員資格變更致喪失會員資格，經戶籍所在地投保單位審查仍符合第一項或前項規定加保資格者，其保險效力自戶籍遷入農會組織區域或喪失會員資格之日開始。被保險人於中華民國九十七年十一月二十七日以前因農會會員資格變更致喪失農會會員資格者，得於本條例九十九年一月五日修正之條文施行後二年內向戶籍所在地投保單位重新申請加保資格審查，經審查仍符合本條例九十九年一月五日修正之條文施行前之加保資格者，其保險效力自喪失農會會員資格之日開始。被保險人在其尚未向戶籍所在地之投保單位申請加保並完成資格審查前死亡者，得由其親屬檢具證明文件申請審查。
本條例中華民國九十七年十一月二十六日修正施行前，被保險人因戶籍遷移致喪失被保險人資格，其確有繳交保險費且在保險有效期間罹患傷病，並因同一傷病致診斷身心障礙者，得於九十九年十一月二十七日以前由本人重新提出申請身心障礙給付，不受第三十六條規定之限制。
第二項從事農業工作農民之認定標準及資格審查辦法，由中央農業主管機關會同中央主管機關定之。

第 15-1 條 各級政府依第十二條規定應負擔之保險費，其繳納期限，與被保險人應負擔之保險費繳納期限相同。
各級政府未依前項規定期限撥付應負擔之保險費者，得寬限三十日；屆寬限期仍未撥付者，自寬限期滿之翌日起至完納前一日止，每逾一日依郵政儲金一年期定期存款利率按日計算利息，一併計收。
各級政府未依第一項規定繳納應負擔之保險費時，保險人得報請中央主管機關轉請行政院，自各該機關之補助款中扣減抵充，保險人並得依法移送強制執行。

第 31 條 被保險人因傷病而致身心障礙，經領取身心障礙給付後，不得以同一傷病，申請住院診療。

第 36 條 被保險人因遭受傷害或罹患疾病，經治療後，症狀固定，再行治療仍不能期待其治療效果，如身體遺存障害，適合身心障礙給付標準規定之項目，並經保險人自設或特約醫療機構診斷為永久身心障礙者，得按其當月投保金額，依規定之身心障礙等級及給付標準，一次請領身心障礙給付。
被保險人於保險人指定醫療機構出具之農民健康保險身心障礙診斷書所載身心障礙日期之當日死亡者，不予身心障礙給付。
第一項身心障礙種類、狀態、等級、給付額度、出具診斷書醫療機構層級及審核基準等事項之標準，由中央主管機關會同中央衛生主管機關定之，並於本條例中華民國九十九年一月五日修正之條文施行後二年施行；未施行前，依本條例九十九年一月五日修正施行前第三十六條規定辦理。

第 37 條 被保險人之身體原已局部身心障礙，再因傷害或疾病致身體之同一部位身心障礙程度加重或不同部位發生身心障礙者，保險人應按其加重或新增部分之身心障礙程度，依身心障礙給付標準計算發給身心障礙給付。但合計最高以第一等級給付之。
前項修正條文於本條例中華民國九十九年一月五日修正之條文公布後二年施行；未施行前，依本條例九十九年一月五日修正施行前第三十七條規定辦理。

第 38 條 保險人為審核身心障礙給付之需要，得遴聘具有臨床或實際經驗之醫學專家審查農民健康保險身心障礙診斷書、檢查紀錄或有關診療病歷；保險人認為有複檢必要時，並得另行指定醫院或醫師複檢。

第 39 條 被保險人依第三十六條規定領取身心障礙給付後，經保險人認定不能繼續從事農業工作者，其保險效力自保險人指定之醫療機構出具之農民健康保險身心障礙診斷書所載身心障礙日期之當日二十四時終止。

第 51 條 本條例自中華民國七十八年七月一日施行。
本條例修正條文，除中華民國九十九年一月五日修正之第三十六條、第三十七條另定施行日期者外，自公布日施行。